La UAP tiene como funciones, asegurar la ejecución técnica, física y financiera de los programas y proyectos financiados con fondos nacionales y/o fondos externos que le sean asignados por el Gobierno de la República de Honduras; actuando como unidad ejecutora para proyectos de otras dependencias y como unidad coordinadora de proyectos para  la ejecución de convenios multisectoriales.